Il rapporto tra gemelli, si sà, è sempre qualcosa di unico e speciale, è un legame che esiste sin da prima della nascita e che nessuno potrà mai spezzare... ma cosa succederebbe se questi gemelli fossero di sesso diverso e se si innamorassero l'uno dell'altra e viceversa? E se poi questi gemelli decidessero di vivere a pieno il loro amore pur sapendo che esso è qualcosa di sbagliato, un sentimento che non dovrebbero mai e poi mai provare? E' questa la storia che ci viene raccontata in Boku Wa Imouto Ni Koi Wo Suru che inizia proprio quando Yori, incapace di trattenere ancora i sentimenti che da sempre prova per la sua amata sorella, dichiara il suo amore ad Iku, la quale si accorge di ricambiare i suoi sentimenti. Ma cosa succederebbe se il ragazzo è costretto a trasferirsi nella sua nuova scuola lontano dalla città e dall'amata sorellina lasciandola sola nelle mani del suo amico Yano? E se la nuova scuola di Yori fosse frequentata anche da Tomoka, la ragazza con cui lui tempo prima aveva cercato di reprimere i sentimenti per Iku? L'amore impossibile, la lontananza, la sofferenza e la consapevolezza di vivere una storia difficile, senza futuro e continuamente ostacolata da tutto e tutti... sono questi gli elementi che creano il mondo di Boku Wa Imouto Ni Koi Wo Suru nel quale non macheranno momenti di gioia, di tristezza e colpi di scena.